La bonne gouvernance et la transparence dans la gestion des affaires publiques impliquent un contrôle efficace exercé par une institution indépendante, dotée de moyens adéquats.

Au Sénégal, le rôle d'institution supérieure de contrôle des finances publiques était dévolu dès 1960 à une institution du pouvoir judiciaire, la Cour suprême.

A la faveur de la réforme judiciaire de 1992, la 3ème Section de la Cour Suprême qui faisait fonction de juridiction des comptes a été transférée au Conseil d'Etat (2ème Section) créé en même temps que le Conseil Constitutionnel et la Cour de Cassation, par la loi constitutionnelle n°92-22 du 30 mai 1992.

Cette réforme institutionnelle, commandée par la nécessité avérée de la spécialisation des magistrats devenue un impératif pour la sauvegarde même de l'institution judiciaire, s'est poursuivie par notamment la création en 1999 de la Cour des Comptes (en lieu et place de la 2ème Section du Conseil d'Etat). C'est l'objet de la loi n°99-02 du 29 Janvier 1999 portant révision constitutionnelle, en ses articles 5, 57, 7ème alinéa, et 80.

La nouvelle juridiction des comptes tient donc de la Constitution de larges compétences qu'elle va exercer à l'aide d'une organisation (III), de procédures et de moyens spécifiques , définis par la loi organique n°99-70 du 17 février 1999 sur la Cour des comptes, la loi organique n°99-73 du 17 février 1999 portant statut des magistrats de la Cour des comptes et le décret n°99-499 du 8 juin 1999 fixant les modalités d'application de la loi organique n°99-70 du 17 février 1999 sur la Cour des comptes.

La Cour des comptes apporte beaucoup de nouveautés dans l'organisation judiciaire du Sénégal (création d'une magistrature financière) d'une part, et dans le système de contrôle des finances publiques d'autre part.

Elle innove par son organisation et ses moyens qui lui confèrent une grande autonomie et renforcent l'indépendance de l'Institution Supérieure de Contrôle des Finances Publiques (ISC) du Sénégal.
Elle dispose notamment d'une chambre de discipline financière qui sanctionne directement les responsables de faute de gestion, sans préjudice des poursuites pénales qui restent du ressort du parquet judiciaire.

Elle a ses propres procédures de vérification, mais elle est ouverte aux techniques et normes internationales de contrôle dont la pratique a démontré l'efficacité au niveau national et international.

Enfin, elle peut faire connaître directement le résultat de ces investigations par la production de son rapport public.