La Commission de Vérification des Comptes et de Contrôle des Entreprises publiques (CVCCEP) quant à elle, procède à un contrôle non juridictionnel des comptes et de la gestion des entreprises du secteur parapublic. Ses méthodes de travail et d'investigations s'apparentent aux méthodes d'audit communément appliquées au plan international. Elles se conforment aux dispositions de la loi n°90-07 du 26 juin 1990 relative à l'organisation et au contrôle des entreprises du secteur parapublic et au contrôle des personnes morales de droit privé bénéficiant du concours financier de la puissance publique, dispositions complétées par celles du décret n° 92-1559 du 12 novembre 1992 fixant les règles de fonctionnement de la CVCCEP. Son champ de compétence a été élargi par l'article 27 de la loi organique n°99-70 sur la Cour.

Outre les règles générales de la procédure écrite et contradictoire applicables à toutes des chambres, la CVCCEP a la particularité de tenir des assemblées plénières où les dirigeants des entités contrôlées trouvent l'occasion de formuler leurs observations, en présence de représentants des autres corps de contrôle et de ceux des ministres chargés des tutelle technique et financière desdites entités.