Les procédures applicables au sein de la Cour des comptes sont définies par la loi organique n° 99-70 du 17 février 1999 sur la Cour des comptes (chapitres IV à VII). Elles sont ensuite précisées par le décret fixant les modalités d'application de ladite loi organique (chapitre II). Elles répondent à des règles de base avant de varier suivant le type de contrôle considéré et la chambre qui exerce le contrôle. Elles aboutissent à des jugements, des rapports particuliers, des conclusions définitives et des rapports annuels.

• Les règles générales
• La procédure relative au jugement des comptes
• La procédure du contrôle non juridictionnel
• La procédure en matière de discipline financière
• Les procédures de la CVCCEP
• Les rapports de la Cour